《神秘博士第五季》讲叙了重生后的博士领着旅伴艾米和罗里一块儿穿梭时空,历经古代威尼斯、遇到梵高、协助丘吉尔、击垮哭泣天使,到开启潘多拉魔盒,最后甚至是重新启动了整个宇宙的故事。刚再生的博士遇到了小艾米莉亚·庞德,并告知她只离去5分钟,结果则是变成了十二年。当他回来时,察觉他的小朋友现已长大,还被雇用为庆贺亲吻师,博士在无意间改头换面后依然惶恐不安,最后他寻找到处理恐怖的零号囚犯和一样恐怖的追捕者谜团的办法。然而,艾米家墙面上的裂缝是一个更繁琐的问题,并引起了后来一连串的故事。
新一任博士感觉既传统化又新鲜,完全恰当。本剧开拍时仅有26岁的马特·史密斯是截止到那时候最年轻的博士饰演者,他扮演的角色有些像1个有较长记忆的疯狂新生婴儿。再为他搭档1个更年轻的小伙伴——天真又坚毅的艾米·庞德,使博士的活力增长,并且好像有意与上一任博士日渐困扰的任期产生鲜明对比。